揭秘中國人群腎癌關鍵致病基因：復旦交大團隊發文《自然·通訊》

如多數腫瘤一樣，腎癌的分子分型是提高腎癌療效及腎癌精準治療的關鍵。

美國臨床腫瘤蛋白質組學會（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium， CPTAC)曾公布了103例透明細胞腎癌患者的蛋白質基因組學特征，為歐美國家的腎癌精準治療提供了依據。但該數據來源于西方腎癌患者，同國內的患者存在差距，該研究并不能滿足國內腎癌臨床和基礎研究中的迫切需求。

復旦大學丁琛教授團隊、葉定偉教授團隊和上海交通大學趙健元教授團隊聯合對232例本土腎癌患者人群的腎透明細胞癌（Clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）進行了分析 ，綜合蛋白組、基因組并結合患者臨床病理特征和生存數據，描繪了中國透明細胞腎癌的蛋白質基因表達圖譜，揭示了中國人群腎癌關鍵致病基因變異。為更優的診療提供了依據。該工作發表于《自然·通訊》1。

下圖描述了該研究的整體思路和方法。

Fig. 1a: Schematic representation of the multiomics analyses of ccRCC, including sample preparation, protein identification, WES, and function verification.

其中WES（全外顯子組測序）是關鍵數據之一。

作者在文中特別提到，該工作分別使用了IDT埃德特公司的DNA建庫試劑盒（原Swift Biosciences*）、接頭、外顯子WES panel以及定制探針，并使用到了貝克曼庫爾特的SPRIselect (Beckman, B23319)進行了文庫的純化。

* 2021年3月，IDT埃德特完成對于Swift Biosciences公司的收購。

IDT埃德特公司的相關產品：

1. IDT xGen cfDNA & FFPE DNA 建庫試劑盒

使用該試劑盒可對cfDNA樣本或FFPE組織提取的 DNA 樣本進行靈敏、準確的變異檢測。使用該試劑盒的專用連接法，可使轉化率達到最高并抑制接頭二聚體形成。在單鏈連接期間引入特異性分子標簽 (UMI) 序列，便于采用多種去重和糾錯法。

2. 原Swift Accel-NGS 2S Hyb DNA 建庫試劑盒（現IDT 2S Hyb DNA 建庫試劑盒）

利用*的技術，保證樣品高效的文庫轉化率，使得降解樣品和低起始量等困難樣品（例如FFPE、cfDNA等樣品）產出高質量的測序數據。只需≥10 ng cfDNA 或≥ 100 ng gDNA即可進行PCR-free建庫流程。*的5’ 和3’ 修復步驟，針對損傷樣品（如物理打斷后產生損失）進行修復；對于富含AT/GC的基因組區域覆蓋度均一，適用于多種樣品類型；優異、高效的文庫轉化效率使得更多分子進行轉化，保持更高的文庫復雜度；無需接頭稀釋，不同起始量也可保持穩定的文庫轉化效率。

3. IDT全外顯子捕獲試劑盒（xGen Exome Research Panel）

IDT全外顯子捕獲試劑盒（xGen Exome Research Panel）v2由 415,115 條單獨合成且經過質控檢驗的 xGen Lockdown 探針組成。探針組跨越人基因組的 34 Mb 目標區域（19,433 個基因），并且覆蓋 39 Mb 的探針空間（即由探針覆蓋的基因組區域）。探針組中的所有探針均嚴格按照 ISO 13485 標準進行生產。探針使用全新的“捕獲感知”(capture-aware) 算法進行設計，并進行了專有的脫靶分析，確保實現最完整的設計覆蓋度。每條探針均經過質譜法和雙定量測量檢驗，確保探針的質量及在探針庫中具有適當的代表性。通過始終如一的深度覆蓋，致力于推動臨床科學研究。

關于貝克曼庫爾特的SPRselect：

SPRI純化技術采用順磁性磁珠、選擇性的結合特定大小的核酸，已廣泛應用于NGS的純化及片段篩選等領域，被超200多主流NGS試劑盒推薦，超15,000篇論文引用。相比于傳統純化磁珠，SPRIselect更具備如下優勢：

1，室溫儲存。

即拿即用、省錢省時：節省昂貴的冰箱空間，更省去大量溫度平衡的時間；

2，精準的片段篩選，且保證不同批次間穩定性。

不論今年或明年，可靠的SPRIselect將始終如一的產出可重復的片篩結果，無需重復測試磁珠比例。如下圖所示，不同批次間片篩均值差異不超過2 bp。提供片段篩選濃度指引。

3，專家選擇

已有超40個建庫試劑盒推薦SPRIselect；超1,000篇論文選用SPRIselect。

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參考文獻：

1，Qu, Y., Feng, J., Wu, X, et. al. A proteogenomic analysis of clear cell renal cell carcinoma in a Chinese population. Nature Communications. (2022). DOI: 10.1038/s41467-022-29577-x