CLD數(shù)據(jù)處理神器來了！

細(xì)胞系開發(fā)的樣本數(shù)據(jù)要求: 

–整理來自不同的分析儀器的數(shù)據(jù)和處理不同文件格式 

–在不同的孔板和孔之間跟蹤 

–數(shù)據(jù)能長時間保存和快速查找調(diào)用

使用Biomek工作站CLD整合系統(tǒng)配合三大軟件（Biomek，SAMI 和DART）幫您輕松完成數(shù)據(jù)處理。

細(xì)胞株開發(fā)現(xiàn)面臨巨大工作量的數(shù)據(jù)挑戰(zhàn)。與任何篩選過程一樣，樣本通量帶來了數(shù)據(jù)量的挑戰(zhàn)。當(dāng)使用多種分析工具以不同格式生成不同類型的數(shù)據(jù)時，這就變得更加具有挑戰(zhàn)性。而且現(xiàn)在很多篩選要求多個方面的綜合結(jié)果來確定Hit Picking，因此其工作流要求必須使用這些hits的數(shù)據(jù)追蹤。在整個過程中，必須對數(shù)據(jù)進(jìn)行追蹤，以確保進(jìn)入生產(chǎn)的任何細(xì)胞株都有必要的歷史數(shù)據(jù)（例如單克隆性的證明），并且為了報告需要，所有的數(shù)據(jù)需要隨時快速被找到。

解決容易出錯的數(shù)據(jù)格式問題

在Microsoft Excel中復(fù)制和調(diào)整數(shù)據(jù)也是上是一個容易出錯的過程 ，特別是當(dāng)試圖關(guān)聯(lián)來自不同分析器的數(shù)據(jù)時。例如, 我們使用CloneSelect Imager來對細(xì)胞單克隆性和生長測定，按行顯示報告結(jié)果(A1, A2, A3…圖1)。相反，我們使Octet HTX對IgG按列進(jìn)行滴度測定(A1, B1, C1，…，圖1)。如果有人試圖在Microsoft excel中按名稱重新排序八位數(shù)據(jù)，則井仍然與CloneSelect數(shù)據(jù)不一致(A1, A10, A11…，圖1)。而自動化軟件能很快處理該問題，完成統(tǒng)一數(shù)據(jù)格式調(diào)整和編輯。

DART數(shù)據(jù)庫能儲存和自動檢索數(shù)據(jù)

對于細(xì)胞株開發(fā)過程，當(dāng)我們在ClonePix 2設(shè)備上的半固態(tài)培養(yǎng)基上測定克隆特性時，首先產(chǎn)生了有意義的數(shù)據(jù)。在挑選過程中，ClonePix 2識別出的最初特征，如菌落大小和外部熒光（抗體分泌的標(biāo)志）鏈接到帶條形碼目的板和孔中。當(dāng)掃描條形碼時，這些數(shù)據(jù)可以自動導(dǎo)入Biomek軟件。然后，作為液體轉(zhuǎn)移步驟的一部分，Biomek軟件會自動移動數(shù)據(jù)，因此數(shù)據(jù)可以隨著樣本移動而并行移動（圖2A）。同時，數(shù)據(jù)也可以存儲在DART數(shù)據(jù)庫中，未來任何時候掃描孔板條碼時，相應(yīng)的數(shù)據(jù)都會被自動檢索出來。DART提供了不同時間交互的方法之間的鏈接（圖2B）—— 在諸如cell line開發(fā)這樣的長時間工作流程中，這是一個關(guān)鍵組件。

自動關(guān)聯(lián)樣本數(shù)據(jù)

為了進(jìn)一步說明細(xì)胞株開發(fā)工作流程中的數(shù)據(jù)挑戰(zhàn)，我們將描述長達(dá)數(shù)月的過程中的一天，并描述如何通過自動化數(shù)據(jù)軟件工具克服這些挑戰(zhàn)。通過有限稀釋和識別單克隆孔進(jìn)行細(xì)胞株鋪板三周后，data移動并用于以下步驟（圖3）：

在細(xì)胞株開發(fā)的整個過程中，這些步驟都是重復(fù)的，這些步驟包括將檢測數(shù)據(jù)與樣品孔連接，將來自多個分析儀的數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)起來，使用數(shù)據(jù)來驅(qū)動數(shù)據(jù)采集，并將所有數(shù)據(jù)提前以供追溯。此外，儲存所有潛在細(xì)胞株的數(shù)據(jù)是必要的，因?yàn)楹芏嗉?xì)胞株在后期會由于基因組不穩(wěn)定或其他不需要的屬性而退出，而且不可能知道最終會選擇哪些細(xì)胞株用于細(xì)胞株庫。

快速瀏覽和數(shù)據(jù)可視化

為自動運(yùn)行存儲和利用數(shù)據(jù)只是問題的一部分。您還必須能夠在需要時輕松地訪問數(shù)據(jù)，DART數(shù)據(jù)庫可以通過多種方便的方式訪問。為了以用戶友好的方式進(jìn)行快速可視化，DART數(shù)據(jù)瀏覽器（圖4A）可以在Chrome瀏覽器中突出顯示方法、耗材和孔層面的數(shù)據(jù)。不僅可以遠(yuǎn)程查看這些數(shù)據(jù)，還可以在運(yùn)行期間刷新這些數(shù)據(jù)以使用實(shí)時數(shù)據(jù)進(jìn)行更新。為了以可用的形式導(dǎo)出數(shù)據(jù)，可以使用DART報告生成器在Excel中生成報告，使用一個簡單的界面來選擇要包含在給定報告中的數(shù)據(jù)。所有這些都可以在不借助IT資源的情況下完成——這是一些大型數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)的常見需求。

對于像細(xì)胞株開發(fā)這樣長達(dá)數(shù)月的工作流程，數(shù)據(jù)丟失或錯誤的風(fēng)險更大，因此，確保數(shù)據(jù)完整性的工具至關(guān)重要。Biomek和DART軟件通過使數(shù)據(jù)完整性過程自動化且易于獲取，可以為細(xì)胞株開發(fā)過程提供真正的價值。

*以上內(nèi)容涉及設(shè)備僅適用于科研和工業(yè)，不用于臨床診斷。