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全民玩家解鎖Drugit分子樂高,成功設計活性VHL配體

點擊次數:157 更新時間:2025-08-22
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普通玩家也能參與端藥物設計?

范德堡大學與勃林格殷格翰的最新研究證明:公眾科學家智慧可重塑藥物研發未來。


2025年4月,范德堡大學Jens Meiler團隊與勃林格殷格翰合作,在《Nature Communications》上發表研究《Drugit: crowd-sourcing molecular design of non-peptidic VHL binders》


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Drugit是基于熱門在線公民科學游戲Foldit開發的小分子設計模式,通過眾包模式招募公民科學家設計靶向Von Hippel-Lindau(VHL)E3連接酶的特異性結合劑。上百名玩家在滿足多重成藥性要求下,創造了數千個分子。其中一位業余玩家設計的分子在蛋白質NMR實驗中顯示出劑量依賴性結合能力,其與VHL的共晶結構證實了設計思路的準確性,這一結果有力證明了公民科學家能通過游戲化平臺,為復雜藥物分子設計提供創新解決方案,為早期藥物發現的開放創新提供了新模式。


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VHL:PROTAC技術的熱門引擎


VHL E3連接酶是CUL2-RBX1-ElonginBC-VHL泛素連接酶復合物的核心組分,也是蛋白水解靶向嵌合體(PROTACs)中常用的E3連接酶之一,通過招募泛素化系統實現靶蛋白降解。單個VHL配體可與不同靶蛋白配體結合,構建針對多種疾病靶點的降解劑,是價值的藥物開發工具和理想測試案例。


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玩家化身“分子工程師":Drugit如何運作?


Drugit VHL謎題系列包含十輪謎題,于2021年10月20日至2022年1月12日連續發布。十輪謎題保持蛋白靶點結構不變,差異化設置起始分子與評分權重,并由藥物化學家審核并調整優化限制條件。Drugit框架支持復合物全自由度幾何優化,但研究中為模擬早期藥物發現流程,固定蛋白質構象僅允許小分子移動。該策略與早期藥物研發的設計方法接近,可以引導玩家聚焦先導化合物結合模式的適配性優化。Drugit界面如圖所示:

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拖拽原子面板:實時添加/刪除化學鍵、改變元素種類或鍵序

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片段工具:一鍵插入官能團,快速組裝類藥分子

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實時評分系統:綜合Rosetta能量和多重成藥性參數計分

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撤銷功能:以顏色編碼可視化操作路徑,支持回溯以進行多路徑探索Drugit界面


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從虛擬設計到真實分子:多重篩選漏斗


賽后篩選中,研究人員先從6500個玩家設計化合物中剔除結合位點匹配度差的分子,結合空間計算工具與藥物化學判斷,初篩出1073個分子。隨后通過構象分析和理化性質評估,保留潛力化合物并基于專業經驗進行藥物結構優化。再經機器學習模型預測藥物活性和結合能力,最終依據合成可行性、穩定性及結構多樣性等標準,選定19個分子進入專家評審及合成階段。


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玩家設計的分子如何變成候選化合物?關鍵在藥效驗證:


研究人員利用TR-FRET競爭結合實驗初篩合成分子活性:

1

使用Access Workstation工作站配合Echo聲波移液系統,將測試化合物轉移至384孔板,設置11點5倍梯度稀釋(最高濃度100μM),每孔終體積150nL;

2

通過Echo聲波移液系統添加15nL Cy5標記VHL示蹤劑(10μM);

3

全孔加入15μL反應混合液,室溫孵育40分鐘后,用高通量酶標儀按TR-FRET標準程序檢測信號。


Access Workstation工作站


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Access Workstation自動化平臺優勢:

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微量化檢測,降低實驗成本,加速高通量藥物篩選

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直接稀釋,消除連續稀釋誤差,提升活性化合物發現率

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模塊化可擴展,靈活應對實驗室檢測要求變化

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穩定運行,全球裝機200+充分驗證,保障實驗可重復性


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眾包設計+自動化驗證:藥物研發增效路徑初探


Drugit研究通過眾包模式激活公眾創造力,結合自動化實驗平臺成功設計非肽類VHL結合劑,初步驗證公民科學家參與早期藥物發現的可行性。該模式展現出群體創造力與自動化工具協同的潛力——從數千玩家設計中高效篩選合成活性化合物,開辟藥物研發新路徑;同時,納升級移液系統與高通量自動化平臺保障實驗精準度與可重復性,加速化合物藥效驗證流程。未來自動化技術與開放科學的深度融合有望突破傳統研發壁壘,推動藥物研發領域的發展。


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